Ich verstehe die Problemstellung ehrlich gesagt noch nicht ganz. Also so wie ich das verstehe hast du beim Einbinden externer Hardware über dein Audiointerface das Problem, dass es zu nicht passenden Zeitversätzen beim Live Mixing der extern gerouteten und wieder "eingelesenen" Audiosignale / Audiostreams kommt.
Die Latenzzeiten hängen eigentlich mit der AD/DA Wandlung deines UPHORIA 1820 und den diesbezüglichen Parametern und dem Treiber zusammen. An Pegeln oder der externen analogen Hardware(Bento) kann das folglich also eher weniger liegen. Außer die in den Slots verbaute Hardware macht generell eine Signallatenz(z.B. durch eine zusätzliche AD/DA Wandlung eines externen Effektgerätes wie Hall oder Delay).
Wie hast du deine externen Geräte in Cubase denn eingebunden? Die Latenzzeiten für externe Studiogeräte kannst du - sofern als externes Studiogerät eingebunden - auch grundsätzlich manuell festlegen und fixiert eingeben soweit ich mich erinnere. Ich kann mich bei auch nicht erinnern, dass da jedes Mal etwas neu "angepingt" wird. Wie stoßt du diesen Vorgang denn an? Ich habe mehrere externe Geräte eingebunden und bei mir stehen da unter Audioverbindungen immer die gleichen Zeitwerte. Ich stoße da auch nichts mehr explizit an oder verändere das. Ich binde dieses externen Geräte dann ganz normal als Insert in die Projekte ein.
Ich kenne das Behringer Audionterface und das zugehörige Benutzerinterface im Rechner leider nicht. Gibt es da eine Direkt Monitoring Funktion die dir ggf. einen Strich durch die Rechnung machen könnte? Oder eine Art Routingmatrix. Eventuell sind dort ein paar Routingeinstellungen nicht ganz richtig oder die Audiostreams werden manchmal intern irgendwie überschrieben(also das Ausgangssignal wieder direkt ohne den externen Umweg wieder zurück geroutet). Aber selbst dann dürfte sich als Latenz maximal 0 ergeben, ein negativer Wert bedeutet theoretisch ja, dass das Signal eintrifft bevor es losgeschickt wurde. Da müssten ja dann im Puffer vom letzten Ping noch Signalmarker liegen, die das System dann falsch interpretiert. Ich hab RME Hardware und kann mittels Softwareplayback auch direkt Signale intern routen. Da muss man höllisch aufpassen, dass man gedanklich nicht falsch abbiegt, gerade wenn man dann viele Kanäle(48, 96 oder mehr) und verschiedene/mehrere Interfaces hat. Beim reinen Softwareplayback gibt es dann natürlich keine Latenz, weil das Signal ja digital geroutet wird und nicht via AD / DA Wandlung das Gerät verlässt. Aber das ist bei dir ja nicht der Fall.
Ich bin mir ziemlich sicher, das hat mit hoher Wahrscheinlichkeit mit deinem Audiointerface und dessen Treiber zu tun. Kann / Könnte auch ein Cubase Bug sein. Ich möchte dich jetzt nicht verunsichern, aber ich hatte mal das Problem, dass es zum Kanalübersprechen der externen Hardware kam. Hatte damals bei mir alles zerlegt, Kabel umgesteckt, Kreuztausch, sogar XLR Kabel getauscht und bin fast vom Glauben abgefallen. Bis ich dann aus der Not testweise ein neues Projekt zum Testen angelegt hatte und die Audioverbindungen in diesem vollkommen neu aufgesetzt habe. Dann war das Phänomen ohne Änderungen im Hardwareaufbau weg. Das war aber auch noch in C10 oder C11. Nur Cubase Neustart bringt da meines Erachtens nach nichts. Du musst da die Audioverbindungen(F3) deiner Studiogeräte am besten rausschmeißen und neu anlegen. Diese werden ja meines Erachtens nach auch mit dem Projekt spezifisch gespeichert. Sollte das was korrumpiert sein und du ggf. immer über ein und dieselbe Vorlage arbeiten oder ein bereits korrumpiertes Projekt laden hast du es ggf. wieder.
Das erklärt dann aber leider immer noch nicht, warum es sporadisch mal so, mal so ist. Also plötzlich auftritt und dann wieder verschwindet.
Ich würde versuchsweise mal die USB Verbindung abstecken und wieder anstecken oder das Audiointerface spannungslos schalten und wieder einschalten wenn das Problem das nächste Mal auftritt. Im schlimmsten Fall schmiert dann dein Cubase ab bzw. friert ein.
Spezifische Fehlersuche ist oft nicht einfach. Manchmal hilft nur try and error und langsames Vortasten und systematisches Ausschließen einzelner Komponenten/Ursachen.
Ansonsten mal beim Steinberg Support nachfragen. Die müssten - da sie die Algorithmik zur Laufzeitermittlung gut kennen, sie haben sie ja entwickelt und implementiert, schon noch einen tieferen Einblick haben. Daraus ergeben sich dann bestimmt auch noch Anhaltspunkte, was cubaseintern ggf. noch schieflaufen könnte, insbesondere, dass es zu negativen Laufzeiten kommen kann.
Wenn die Zeiten sehr hoch sind, könntest du ggf. auch mit LatencyMon fündig werden. Das Tool würde dir dann die Echzeitfähigkeit deines Systems monieren und ggf. den Treiber als Ursache markieren. Aber dann hättest du vermutlich auch Aussetzer / Knackser bei der Audiowiedergabe(sofern deine Abhöre über das gleiche Audiointerface läuft).
Viel Glück, dass du schnell fündig wirst.