ok, also... wie djstean auch vermutete und auch du, es geht hier wahrscheinlich um daten, die von deinem midi-keyboard gesendet wurden, und sich ungewollt auf parameter deines plugins auswirken.
ich sag dir mal wie das im cubase funktioniert, du müsstest halt bei dir im benutzerhandbuch nach einem einstellungsfenster suchen, das bestimmte midi-daten, die über dein keyboard eingespielt werden, von vorneherein gar nicht erst an dein vst-instrument weiterleitet. das nennt sich im cubase "midi-filter". dort kann man dann bestimmte midikanäle ignorieren, selbiges gilt auch für sysex-, controller-, noten- usw. -befehle. für aftertouch kann das auch gelten. wie auch immer, guck mal in deinem benutzerhandbuch. normalerweise sollte der sequencer sowas bereithalten. dann musst du versuchen, ob durch das an- oder enthaken bestimmter parameter das problem gelöst wird.
falls du denkst es könnte dir helfen, poste doch einfach noch, welches eingabegerät du nutzt, vielleicht kann man dann mehr sagen.
ansonsten kannst du, wie djstean schon sagte, die daten, die bereits in deiner aufnahme den klang verändern (weil sie eben im hintergrund aufgenommen wurden, ohne dass du es wolltest), nachträglich wieder löschen. das sind die automationsdaten, die z.B. lautstärkekurven usw. mal hoch und runter gehen lassen.