Generell muss ich sagen, dass man Projekte so auch nicht organisiert. Für alles, was wesentliche strukturelle Änderungen beinhaltet, würde ich auf *jeden* Fall ein komplett neues Projekt anlegen und das nicht im alten Ordner speichern. Da hat man dann für 'ne Weile sehr viele duplizierte Dateien, aber das ist eindeutig besser als das, was dir gerade passiert.
Abgesehen davon kann ich mir auch nicht vorstellen, dass das Update dafür verantwortlich war. Ja, aktuell geht Apple sehr schlampig mit dem Logic-Support um (streckenweise ist das wirklich katastrophal), aber existentielle durch ein Update hervorgerufene Datenverluste habe ich in über 2,5 Jahrzehnten noch nie erlebt.
Und dann noch: Hast du vorher ein Time Machine Backup angelegt? Wenn nein, dann wird es jetzt Zeit dafür, damit es in der Zukunft nicht wieder passiert.
Hast du wenigstens die alte Logic Version gesichert? Wenn nein, dann solltest du das ab jetzt in der Zukunft machen.