Das Knacksen entsteht dadurch, dass der Pegel am Ende des Loops nicht mit dem Pegel des Loopanfang übereinstimmt. Dadurch kommt es zu einem Pegelsprung von einem Sample zum nächsten und das entspricht einem sehr kurzem sehr hohem Ton - also einem Knacksen.
Bei Cubase VST gibt es ein Feature, das "beim Nulldurchgang schneiden" oder so ähnlich heisst. Cubase schneidet dann nicht exakt am Taktstrich sondern beim nächsten Punkt, wo der Pegel genau 0 dB hat.
Wenn ein Loop bei 0 dB beginnt und bei 0 dB aufhört, dann kann man ihn auch perfekt loopen. Alternativ kannst Du die einzelnen Parts leicht übereinanderlegen und mit einm Crossfade übereinanderblenden (das geht mit Cubase, aber frag mich nicht wie).
lg Grischa