Weil es eben nicht sauber geschnitten wurde. Ob du nun manuell geschnitten hast, oder einfach nur den Bereich ausgewählt hast, der geloopt wird, ist wurst.
Es knackt, wenn irgendwo ein Schnitt unsauber sitzt. Das hat nichts mit [g=64]Metronom[/g] zu tun.
Wenn zwei Audioevents direkt aneinander sitzen, und dort irgendwo ein Bruch ist, dann knackt es halt.
Edit: [g=47]Crossfade[/g] ist eigentlich Pflicht bei sowas.