Schade ist relativ.
Auch Debian hat Nachteile. Sehr konservative OS Pflege (uU ältere Pakete), was nicht unbedingt ein nachteil sein muß. Aber wenn Du viele Applikationen dazuinstallierst, dann wird /etc total von config files übervölkert. Und das muß wirklich nicht sein.
Man sehe sich FreeBSD an. Aufgeräumtes /etc, da ist alles was zum OS gehört.
Die startup files von zusätzlichen Applikationen sind unter /usr/local/etc/ zu finden.
Ich finde es ist für Linux ein Fehler, dass man sich über die Jahre nicht auf ein einheitliches Basis System einigen konnte. Das würde einiges erleichtern.
Das würde insgesamt auch den Support für kommerzielle Hersteller vereinfachen. Mehr Standardisierung ist mE gefragt. Ich kenne das auch von Freunden, die verschiedene Programme, darunter auch Java basierte Applikationen unter Linux angeboten haben und dafür Support leisten mussten. Sie waren nicht gerade begeistert, weil sich die verschiedenen Linux Distributionen doch in einigen Dingen sehr unterscheiden.