Irgendetwas machst Du noch falsch.
Beide Wege,der von Beatback und der von Clemens,sollten funktionieren.
Wenn Du wirklich für jedes Gerät einen eigenen Midieingang zur Verfügung hast und diese in Cubase auch aktiv sind,werden die auch links im Inspector als einzelne Midieingänge angezeigt.
Ausser Du hast im Geräte konfigurieren-Menü bei den Midieinstellungen einen Midieingang ausgeblendet.
Was noch sein kann,da Du von Instrumentenspuren sprichst und geschrieben hast,dass Du eine Midispur erstellt hast,dass dort etwas faul ist.
Eigentlich legt Cubase für die Instrumentenspur eine Midispur an.
Du kannst auch nur eine Midispur pro Instrumentenspur nutzen.
Ansonsten müsstest Du über das VSTi-Rack gehen (F11) .
Für dein Vorhaben kannst Du aber mal folgendes versuchen,um es einfach zu halten:
--eine Instrumentenspur mit AD laden,dort den Midieingang deines Gerätes im Inspector einstellen.Du darfst dort nicht All Midi auswählen,da sonst alle Midieingänge in AD gehen.
--danach eine Instrumentenspur mit Battery laden und dort den anderen Midieingang deines anderen Gerätes auswählen.
Das müsste so funktionieren,wenn Du wirklich getrennte Midieingänge hast.
Ansonsten mach nochmal Screenshots von deinen Einstellungen in Cubase.
Mit etwas Glück kann man da den Fehler drauf entdecken.