Also ist dein Problem jetzt noch nicht gelöst, oder?
Hast du Cubase 6 denn frisch draufgemacht oder war vorher 4 oder 5 drauf?
Wenn vorher schon mal ein andere Cubase installiert war solltest du den Einstellungsordner von Cubase neu anlegen lassen.
Dazu im Startmenü auf Programme->SteinbergCubase6->Dateiordner der Cubaseanwendung
Dann einen Ordner zurückgehen und alle Cubase x Ordner mit einem unterstrich umbenennen.
So verhinderst du das sich Cubase 6 mögliche Einstelluingen bei einem Neustart aus den alten Versionen holt.
Beim nächsten Cubase start sollte er dir einen neuen Cubase 6 Ordner anlegen mit den default Einstellungen.
Du kannst wenn es nicht bringen sollte die alten Order wieder zurück umbenennen und den neu erstellten wieder löschen.
Einen Versuch ist das aber mal wert, weil der Fehler so merkwürdig ist...