In Cubase (bei mir 6.5) geht das zumindest hänisch ganz gut.
Wenn du z.B. einen Snare-Doppelschlag an die richtige Position rücken möchtest, der Abstand der beiden Schläge aber erhalten bleiben soll, musst du bei aktivierter Quantisierung einfach beide markieren und dann den ersten der beiden auf die Rasterung ziehen. Der zweite Schlag folgt dann dem ersten, behält aber die "relative" Position.
Das geht genau so mit aufgelösten Akkorden und anderen komplexeren Strukturen.
Kann mitunter in etwas Fummelei ausarten, aber ich persönlich traue der automatischen, gobalen Quantisierung bei z.B. live gespielten E-Drums eh nicht so recht über den Weg, sodass ich einen Song sowieso immer vom Anfang an durchgehe und z.B. in Sprüngen von 4 Takten die enthaltenen Noten markiere und von Hand Quantisiere. (Noten markieren und dann entweder Taste Q drücken wenn alle Noten exakt auf das Raster sollen, oder eben mit der Maus die zusammengeörenden "Stückchen" an die korrekte Position ziehen.)
Ich gehe eigentlich davon aus, dass das in anderen Sequencern genau so klappt.
Hoffentlich ist dir das eine Hilfe und du meintest nicht etwas völlig anderes
beste Grüße