So, ich habe es jetzt mal ausprobiert.
In meinem Testprojekt: 93 Spuren, davon 7 Effektwege und geschätzt 30 stummgeschaltete Spuren. Getestet sowohl mit meinem Steinzeit-Theme von 1893 als auch mit dem aktuellen Standard-Theme von Reaper. Geht alles, ohne besondere Verzögerungen durch Track Icons, die ich auf jeder einzelnen Spur eingefügt habe (das geht Gott sei Dank in einem Rutsch für alle ausgewählten Spuren und ist deshalb weit weniger mühsam als gedacht).
Eingefügt aber mit der Einschränkung, dass ich für jede Spur dasselbe Track Icon genommen habe. Alles andere wäre mir zu mühsam geworden. Ich kann mir aber kaum vorstellen, dass das irgendeine Rolle spielt.
Sorry, aber ich kann demnach keine Erkenntnisse zu diesem Problem anbieten. Viel Erfolg dennoch. Es gibt ja auch Probleme, die sich nach wenigen Tagen von selbst erledigen - vielleicht ist das ja eines davon.
Edit:
Getestet mit Reaper 6.66 unter Win 10 (nicht 11, wie bei Dir).