Ja, Echtzeitexport würde ich dann auch machen, oder so: Rendere einfach die Instrumenten-Outputs der Midi-Tracks - mit denen Du zufrieden bist - in Audio-Spuren. Bouncen oder einfrieren. Hebe die Midi-Tracks für alle Fälle im Projekt auf, aber schalte sie stumm. Entsprechende Instrumente auch deaktivieren, wenn möglich. Vergiss nicht, ggf. Deine Einstellungen in Presets zu speichern - sicher ist sicher. Dann hast Du wieder Resourcen frei und mußt nicht jeden neuen Mix in Echtzeit rausbouncen.
Versuche mal, für den Export die Audio-Buffer zu erhöhen, das könnte auch helfen.
Hast Du 'ne Windows-Kiste? Dann kannst Du vielleicht die Performace erhöhen, wenn Du den Schreibcache für den externen Datenträger aktivierst, "Datenträger für schnelles Auswerfen optimieren" ausschalten (Aber Vorsicht dann beim Auswerfen wegen Datenverlust!) oder NTFS verwenden, falls Du ExFat oder Fat32 nutzt.
Außerdem könntest Du Windows noch optimieren, Energiesparmodus auf "nie", bzw. "Höchstleistung", "Selektives USB-Energiesparen" aus, CPU-Leistung für "Hintergrunddienste" optimieren und alls Programme, die sonst noch im Hintergrund laufen und nicht nötig sind schließen. Such mal im Netz nach "PC für Cubase optimieren", da gibt es sogar Tips von Steinberg.
Ist es ein USB-Laufwerk? Schau mal, ob Du performatere Treiber beim Hersteller findest. Machmal ist "Intel Rapid Storage" Software installiert, die ist nicht so wichtig, kann aber Probleme auf einer DAW verursachen. Evtl. hat Dein Rechner auch schnellere Ports (USB3 statt USB2, falls die Platte das kann). In der Regel sind zwei USB-Anschlüsse an einen Controller-Port, wenn Du mehrere USB-Geräte hat, versuche, den Datenträger an einem einzelnen Port anzuschließen.
Ansonsten, wenn Du das Problem öfter hast, bau Dir doch einfach eine zusätzliche Festplatte in den PC, am besten gleich eine SSD. USB ist fast immer ein Performance-Killer.
Ich hoffe, Dir hilft irgendwas davon.

Viel Erfolg.