Welche Cubase-Version benutzt Du?
In alten Versionen gab es zum Beispiel ein Einfrier-Bug, der aber mittlerweile behoben ist.
Generell ist es beim Offline-Export egal wie hoch die Prozessorlast beim Abspielen ist. Wurde hier ja schon gesagt, ich wiederhole es aber nochmal. Cubase nimmt sich beim Exportieren die Zeit, die es braucht und selbst Tracks, die nicht ruckelfrei abgespielt werden sind nach dem Export fehlerfrei. Die Latenz im Interface ist unerheblich für den Mixdown.
Für mich klingt das ganz stark nach einem Plug-In-Problem. Schreib doch mal detailliert auf, welche 3rd-party-Plug-ins, vor VSTis, Du verwendest.
Besonders bei Freeware kann es schon mal zu solchen Problemen kommen. Benutzt Du die 64 Bit Version mit Bridge? Bitte nächstes Mal von Anfang an mehr Informationen. Nachfragen müssen ist Lame. Es gibt auch das eine oder andere Plug-In, wo man wirklich explizit einen Mix-Down-Knopf anschalten muss, was weiß ich warum, aber die Fehlermöglichkeit besteht auch noch.
An Cubase selbst liegt es jedenfalls nicht, außer Du hast vergessen zu updaten.