@stardust
Also das C1000 klingt schonmal sehr gut für beide Mikrofonierungen!
Vorweg erstmal eine Gegenfrage, geht es denn um Live oder um Studio (gleichzeitig oder Overdubverfahren)?
Mit dem Cello ist richtig erkannt, das Mikro gehört auf den Steg gerichtet, zumindest habe ich so bisher die besten Erfahrungen damit gemacht. Wo Du es genau positionierst, findest Du nur durch hören raus. Da sich in der Regel Cellisten nicht zu sehr bewegen kannst Du mit dem Miko sicher recht nah ran, 30 - 40 cm sollten da gut funktionieren, evtl. sogar näher.
Querflöte hab ich bisher am Mundstück aufgenommen, allerdings unbedingt darauf achten, daß die ausgeblasene Luft nicht ins Mikro geht. Das bedeutet, daß das Mikro oder Derjenige, der die Flöte spielt, leicht quer dazu stehen muß. Bei mir war das damals ein Aufnahme, wo mehrere Personen gleichzeitig spielten, drum war das Mikro sehr nah ran (ca. 7 - 12 cm?) - ich denke wenn ihr das nacheinander macht, kannst Du das auch mit mehr Abstand probieren (wenn der Raum gut klingt erst recht).
Also dann, viel Glück und Grüße, P.