Das zweite XP fuegt sich zum Bootloader hinzu, du kannst dann waehlen welches starten soll. Das voreingestellte kannst du mit Rechsklick auf "Arbeitsplatz -> Erweitert -> Starten und Wiederherstellen" auch veraendern, in der boot.ini kannst du die Bezeichnungen aendern (auch bei Starten und Wiederherstellen erreichbar ).
Die Installationen sind aber nicht voellig unabhaengig, die zweite Installajtion nutzt die Auslagerungsdatei der ersten. Wenn du die Erste zerschiesst wird auch die Zweite nicht mehr booten.
gruss, Chris
Edit:
Sehe erst jetzt das du auf zwei HDDs installieren willst. Am besten dazu nur eine HDD jeweils einbauen und darauf installieren (zweite evtl mit Imager Klonen) und dann manuell in der boot.ini eintragen.
Bei der nicht verwendeten HDD kannst du in der Datentraegerverwaltung (Systemsteuerung -> Verwaltung) den Laufwerksbuchstaben entfernen.