Auf dem Screenshot sehe ich, dass Du "Microsoft Wavetable ..." als [g=32]MIDI[/g]-Out gewählt hast. Dort "weiß" Samplitude nix vom Audio, daher wird auch nur das deines VSTis als Audio exportiert.
Auch wenn der MS-Synth eigentlich Deine Soundkarte ist, "fasst" es sich an wie ein externer [g=365]Synthesizer[/g], Du musst die betroffenen Spuren also Spur für Spur als Audio aufnehmen.
Notfalls musst Du auch den Soundkartenausgang per Kabel mit dem Eingang verbinden und die aufzunehmende Spur Solo schalten. Dann richtest Du eine Spur ein, die den Line-In als Audio aufnimmt. Das wiederholst Du für alle Spuren, die vom MS-Synth erzeugt werden.
Der leichtere Weg ist aber der, dass du für die restlichen [g=32]MIDI[/g]-Spuren auch ein [g=89]VSTi[/g] einsetzt. Das klingt dann sowieso besser als dieser Microsoft Synth...