Abgesehen vom Genannten: Audio lässt halt ein paar Bearbeitungsoptionen zu, die mit MIDI einfach nicht oder nur sehr viel umständlicher zu bewerkstelligen sind.
Alleine schon so etwas wie ein schnöder Fade Out ist mit MIDI nur möglich, wenn man Automationen bemüht, was dann wieder zu anderen Befindlichkeiten führen kann, wohingegen man das für Audio in den allermeisten Sequenzern einfach ganz direkt in der Audioregion erledigt.
Auch das Zerschnippeln von Kram, bspw. zu kreativen Zwecken, ist mit MIDI oft einfach nicht möglich. Eine gehaltene Note kann man einfach nicht in bspw. 1/16 Noten zerhacken (es sei denn, man erzeugt neue Note Ons, was etwas gänzlich anderes ist).
Gilt ähnlich auch etwa für das abrupte Abschneiden einer Hallfahne.
Ferner kann man Audiofiles in externen Editoren bearbeiten, die dann vielleicht Funktionen bieten, die der Sequenzer des Vertrauens nicht an Bord hat.
Und last but not least ist man so kompatibel. Audiofiles kann jeder in seinen Sequenzer reinladen und es klingt auch immer gleich - bei MIDI-Files ist letzteres bedeutend schwerer zu realisieren, da man exakt dieselben Klangerzeuger mit exakt denselben Einstellungen benötigen würde.