Das kann man in den Studio-Einstellungen unter dem Punkt MIDI konfigurieren. Dort werden alle MIDI-Anschlüsse für Input und Output aufgelistet. Bei dem entsprechenden Anschluß (vom Controller) muss man das Kreuz entfernen (also deaktivieren), damit dieser nicht als Eingang für VSTi's verwendet wird. Sonst wird z. B. bei "All Midi Inputs" auch die gesendeten Signale des Controllers an das VSTi weitergeleitet.
So oder so ähnlich sollte es gehen. Sitze gerade nicht davor und schreibe das nur aus der Erinnerung.